Inaugurato nel 1968, il museo ospita nelle proprie sale una ricchissima selezione di reperti, recuperati in seguito a lavori di scavo condotti sul territorio oppure donati dalle più facoltose famiglie cittadine.

Diverse le sezioni in cui questo ricchissimo materiale è stato diviso e ordinato: si va da quella dedicata alla preistoria a quella dedicata alla numismatica, passando per lo spazio espositivo che raccoglie i lavori realizzati in ceramica e per quello in cui sono sistemati gli oggetti ritrovati nel santuario dedicato ad Hera Lacinia. Superato l'ingresso, nel quale si trovano vasche termali e reperti subacquei ritrovati nell'area archeoligica di Punta Scifo, si passa alla sezione preistorica, dove sono conservati strumenti e oggetti risalenti al periodo Neolitico, ed alla prima Età del Ferro. Nella sezione numismatica ci sono monete greche, romane (sia dell'Età del Ferro che d'età imperiale), italiche e provenienti dalla Magna Graecia, anche se la raccolta più interessante riguarda le monete greche che venivano utilizzate e scambiate nella città di Crotone, con preziosi esemplari in argento e bronzo databili tra la metà del VI secolo e  la metà del IV secolo a.C.

La parte dedicata ai lavori ed alle opere in ceramica presenta numerosi vasi corinzi, ceramiche attiche ed un'importante serie di manufatti calcidesi, mentre quella in cui è sistemato il tesoro del Tempio di Hera Lacinia, offre all'ammirato sguardo dei visitatori bronzi, manici di specchi di osso, statuette votive e soprattutto lo splendido diadema della dea, in oro coperto di bacche, acero e foglie di moro.